今更過ぎる気もしますが、どっちがどう違うのか掲載します。

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■出現ポケモン
・時の探検隊限定
　パチリス、ミツハニー、バタフリー、リオル、セレビィ
・闇の探検隊限定
　ミミロル、ミノムッチ、スピアー、ロトム？、ミュウツー

ダンジョン内の出現の違い。
「ふしぎなメール」で依頼主の場合は、その後普通に出てくるようになる(セレビィ、ミュウツー除く)。
セレビィとミュウツーは違うバージョンでは仲間にする事ができない。

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■アイテム
１．ダンジョン・ショップ共通で限定のもの
・時の探検隊限定
　じゃあくなタネ、てきしばりだま、みとおしメガネ等のアイテム、ぎんいろのかぜ等の技マシン
・闇の探検隊限定
　もうげきのタネ、てきふうじだま、ふみんスコープ等のアイテム、さしおさえ等の技マシン
「ふしぎなメール」での報酬やアイテム交換でしか手に入らないらしい。

２．ショップでのみ限定されるもの<グミ編>
・時の探検隊限定
　青、銀、白、空色、橙、茶色、緑、若草
・闇の探検隊限定
　赤、黄色、黒、紺色、透明、灰色、紫、桃色
ダンジョンに入ればバージョンの違いはない。時でも黒いグミや透明グミが落ちている。

３．ショップでのみ限定されるもの<技マシン編>
・時の探検隊限定
アイアンテール、あくのはどう、いわなだれ、ギガドレイン、くさむすび、シャドークロー
しんぴのまもり、すいへいぎり、スキルスワップ、ストーンエッジ、ソーラービーム
タネマシンガン、ねむる、はがねのつばさ、ひかりのかべ、ふぶき、フラッシュ
ほえる、みねうち、めいそう、メロメロ、ゆきなだれ
リサイクル、リフレクター、ぎんいろのかぜ
・闇の探検隊限定
いちゃもん、エナジーボール、おんがえし、かみなり、かわらわり、きあいだま
きあいパンチ、しぜんのめぐみ、ジャイロボール、シャドーボール、だいばくはつ、ダイビング
ちょうはつ、つばめがえし、でんじは、どくどく、ドラゴンクロー
どろぼう、ビルドアップ、ヘドロばくだん、まもる、みずのはどう
やつあたり、ゆうわく、ロックカット